农业文化遗产是一类典型的社会—经济—自然复合生态系统，除了具有提供特色优质农产品、传承农耕文化外，还在维持生态平衡、改善生态环境、保护生物多样性、传承生态文化等方面具有重要功能和价值。同时，农业文化遗产所包含的农业生物多样性、农业生态结构与景观、传统农业技术和生态文化相互依存，只有通过活态利用，才能确保其重要的功能与价值不会消失。

一是农业生物多样性及其保护。农业文化遗产地大多处于重要生态功能区，有些甚至就位于国家公园或其他自然保护地中，农牧民不仅采取环境友好的生态农业技术以保护生物多样性和生态环境，而且有意识保留了品种多样性以保持对病虫害的抗性和对气候变化的适应。例如，在河北涉县旱作石堰梯田系统的核心保护区王金庄村，初次调查仍在种植的作物有26科57属77种180多个品种，既有本土性豆类、谷子、玉米等粮食作物，也有多样的蔬菜及干鲜果品，以及人们日常使用的药用植物等。农业生物多样性保护最有效的方法，是利用传统品种资源的独特优势和良好的生态地理条件发展“农遗良品”，从而实现其资源化利用和产业化发展。

二是农业生态系统结构与景观及其保护。农业文化遗产是当地居民与独特的生态地理条件协同进化、不断演进形成的独特的土地利用系统和农业景观，通过生态关系调整、系统结构优化以充分发挥其服务功能，为当地及下游地区的生态安全提供保障，并形成了优美的农业景观。例如，云南红河哈尼稻作梯田系统就是由森林、村寨、梯田、水系耦合形成的复合系统，不仅是山地生态农业和文化景观的典型代表，而且成为“绿水青山就是金山银山实践创新基地”。农业生态系统结构与景观保护，一方面要重视不同品种和数量的组分结构、在空间配置上镶嵌性的水平结构和成层性的垂直结构，以确保农业生态系统结构的有序、过程的健康和功能的发挥；另一方面是充分发挥景观以及环境和文化优势，拓展农业功能，大力发展休闲农业和乡村旅游。

三是生态农业技术及其保护。农业文化遗产地堪称生态农业的技术宝库，例如农田水平上的间作套种、轮作复种，山地梯田农作、立体农业，低洼地区的桑基鱼塘、堆垛成田，多种业态的稻鱼共生、农牧结合、农林复合、林菇共育、林药共生，以及草原地区的游牧、河流湖泊中的立体养殖等。浙江青田稻鱼共生系统之所以被联合国粮农组织列为首批全球重要农业文化遗产项目，一个重要因素就是这一传统生态农业模式所体现的可持续发展价值。生态农业技术保护，一方面需要重视种养殖品种与林灌草、植物与微生物和动物之间的相互作用，构建丰富而稳定的食物网关系；另一方面需要与现代农业生产和管理技术以及生物技术、信息技术相结合，发展现代智慧生态农业，促进农业绿色发展。

四是生态文化及其保护。农业文化遗产蕴含着朴素的“天人合一”的生态观及其指导下崇尚自然、绿色循环、杜绝浪费、邻里守望等理念，这些理念以乡规民约、祭祀崇拜、风俗节庆，以及歌舞、传说、建筑、饮食与服饰等形式不断传承，成为生态文化的生动体现。生态文化保护，需要深入挖掘其生态内涵和现代价值，并根据时代发展要求不断创新，实现其创造性转化和创新性发展，促进和美乡村建设。

就目前科学研究和保护实践看，农业文化遗产的生态功能评估、生态价值挖掘、生态系统保护和生态保护补偿还需要给予足够重视。可以说，农业文化遗产的生态保护不仅仅是关于自然的保护，更重要的是为农业的可持续发展和乡村的全面振兴提供生态基础。